立体蝇蛆养殖的苍蝇品种我们选择为100%的经驯化红头苍蝇或80%的经驯化红头苍蝇和20%的经驯化的小家蝇。后者这种搭配能够充分利用粪料的养分，从而能使单产提高。
驯化野生苍蝇
红头苍蝇比其他的苍蝇品种有许多优点：①个体大，它是家蝇的2～3倍；②产卵量大，每只雌蝇每天的产卵量是家蝇的3倍；③寿命长，家蝇在20天后产卵量就极少，25天就基本死亡，但红头苍蝇在30天时产卵量还依然旺盛，平均寿命在45天；④对环境适应能力强，因为红头苍蝇总是生活在肮脏、环境较差的地方，进行人工养殖改善后，很快就能适应，并对养殖者表现出亲近感（可以用手去摸它）；⑤蝇蛆个体大，蝇蛆的个体是家蝇的2～3倍，且比家蝇的蛆更易被经济动物消化（家蝇的蝇蛆皮较硬，许多经济动物吃后根本无法把蛆皮化烂消化其中的养分，之后又整条地被排泄出。像用家蝇蝇蛆饲喂蛙类、部分水产、小鸡等，但红头苍蝇的蛆就没有这个情况，能被动物完整地消化）；⑥红头苍蝇蝇蛆的生长速度快，在同等环境下，比家蝇蝇蛆成熟时间要快1～2天；⑦蛆粪分离容易，在养料充分、温度30℃的情况下，红头苍蝇蝇蛆在孵化后72小时就成熟并自动分离（设立自动分离收蛆桶），120小时基本分离干净。但家蝇蝇蛆在172小时还未分离干净，约40%的蝇蛆在粪中变蛹。
红头苍蝇，就是我们农家厕所中常见的头为红色、背为亮绿色的一种苍蝇品种，各地对其名叫法不一，由于它的头为红色的，所以我们称它为红头苍蝇。
获取野生红头苍蝇种源最简单的办法就是从厕所中获取。在室外温度稳定在27℃以上的晴天，先取10公斤新鲜猪粪、2公斤麸皮、2公斤猪血、0.3公斤EM有效微生物（降低或消除粪堆中的臭味并具有杀菌作用，否则养殖环境将十分恶劣，但不要过量使用）混合成蝇蛆养殖饲料放进蝇蛆养殖房的一个育蛆池中。用纱窗布做成的捞蛆装置，从厕所捞取的蛆要先在池塘中或流水中清洗，然后快速地把清洗后的蛆倒在配置好的蝇蛆养殖饲料上，蝇蛆会马上钻进饲料中。2～3后蝇蛆就会全部长大成熟自动分离掉进收蛆桶中，把收集起来的成熟蝇蛆放在一个大塑料盆中，洒上少许麦麸，并用一个编织袋盖在蝇蛆上（注意不是盖在塑料盆的边沿上，如果把编织袋盖在塑料盆的边沿上，盆中会产生水蒸气，蝇蛆就能从盆中逃出）。2～3天后，蝇蛆全部变成红色的蛹，用一个筛子筛走麦麸，把蛹用高锰酸钾溶液进行消毒种、灭菌（10公斤干净的水、7克高锰酸钾）10分钟，捞出经过消毒、灭菌的蛹，摊开晾干，再重新放回塑料盆中，洒上少许麦麸，再盖上编织袋让蛹进行孵化。
三天后，蛹孵化出大量的苍蝇。把投喂苍蝇的食物防在孵化盆的边沿，让苍蝇一孵化出来就能吃到东西。
第一批苍蝇是非常怕人的，它们总是停留在房顶光线较强的地方，不太愿意下来吃食，产卵极少或不产卵。这时采取的主要措施是：①不管苍蝇是否下来吃食和产卵，都要每天更换、添加食物和集卵物；②操作人员进入养殖房中，走路要慢、要轻。③产下少量的卵块要保证孵化率。
当第一批苍蝇的后代孵化出来后，要用最好的养料饲养，使蝇蛆的个体达到最大（孵化出来后雌性增加），当蛹开始孵化时，就要把在蝇蛆房中的种蝇全部赶出养殖房，以不让它们与它们的后代见面，以免它们把它们的野生习性传给它们的后代。如此四代后，种蝇驯化成功。
把蛆蛹先放进一个蛆池中，摊开，喷上一点点水，用一块麻袋盖上，蛆蛹会在2～3天就会孵化。一发现有苍蝇开始孵化出来，就要给其喂食。投喂苍蝇的的配方为：5公斤温开水，加1公斤红糖，30克奶粉。每过三天添加一次“催卵素”，添加量为10克。充分融化混匀就可投喂了。先在塑料盘里垫一片海绵，把糖水淋在海绵上即可。饲喂苍蝇的时间为每天上午的8～9点钟，食料盘的海绵要求每两天清洗一次。
发酵粪料，准备进行循环生产。
操作步骤：发酵粪料→送入蝇蛆房→堆成条状→放上集卵物→产卵后覆盖卵块→保水保温育蛆→自动分离→收取成蛆→综合利用→铲出残粪→重复循环生产。
⑴.粪料配方和发酵：⒈新鲜猪粪（猪拉下3天以内的）70%，鸡粪（一星期内的）30%；⒉屠宰场的新鲜猪粪100%；⒊猪粪75%，豆腐渣25%；⒋鸡粪50%，猪粪25%，豆腐渣25%；5.麦麸70%，鸡粪30%；6.麦麸70%，猪粪30%；7.麦麸80%，人粪20%。
由于立体蛆房设计要比过去的通风好得多，粪料只需要简单的发酵后就可以送进蛆房。把以上粪料混合，混合时每吨粪均匀地喷入5公斤EM，含水量在100%（把粪堆成20厘米高度感觉不变形），用农膜盖严，24～48小时后即可使用。
⑵把发酵好的粪料送进蛆房，在每个池中堆放三条，每条长0.8米，宽0.2米，高0.15米。进粪的时间为每天下午的4～5点。
⑶在粪堆上放上集卵物，每条放三小堆。集卵物的配方是：以100公斤粪料计算：麦麸1公斤，鱼粉2两，花生麸3两，水1.5公斤。混匀后就可放在粪堆上。放上集卵物以后，就禁止在蛆房中走动。
⑷在正常情况下，放上集卵物后，苍蝇就会云集在集卵物上产卵，在傍晚20点时用少量的集卵物把裸露在外面的卵块覆盖。
⑸在室温25～35℃，卵块一般在8小时后孵化成小蛆，这时如果发现粪堆太干燥，洒上少量的水。小蛆先会把集卵物吃掉，然后钻入粪堆成长；孵化后24小时，先前堆放整齐的粪堆已被蛆吃爬得散开了。这时要注意保持粪堆的水分，当发现粪堆有干燥情况时就要及时加水，这时加水最好是用猪圈水，添加水的幅度以不见有水流出粪堆为佳；随着蛆不断地长大，粪堆已经完全蓬散，在蛆孵化出来72小时后，一些先成熟的蛆开始爬出粪堆，掉进收蛆桶中，96～144小时中是爬出的高峰期，这时要一天两次把被蛆爬散的粪堆堆放成一个大堆，目的是清理保持粪堆的水分和温度以及不让散粪堵塞住池边阻挡蛆顺利爬进收蛆桶中。一般放进粪后的第七天，粪堆里面的蛆已基本爬完出来了（少量未爬完出来的铲出后堆放在养鸡的地方让鸡帮助清理里面剩下的蛆），铲出残粪，重新放入新发酵的粪，循环生产。每天上午10点钟时要求用50倍的EM稀释液对蛆房的所有地方进行喷雾一次，以达到消除臭味和灭菌的目的。
⑹每天要分两次收取收蛆桶中的蝇蛆，分别为早上8点和下午5点。收蛆时先戴一个皮手套，然后抓取即可。蝇蛆可以不用经过消毒即可直接饲喂经济动物。
⑺一个40平方米面积的立体蝇蛆养殖房要求保证有30万只以上的种苍蝇，红头苍蝇占80%，小家蝇占20%。平均每三天在收取蝇蛆时留1公斤蝇蛆，放在一个专用孵化池或一个盆中让其变蛹孵化，以保证种苍蝇的数量。雄性苍蝇的寿命一般只有7天，雌性苍蝇的寿命一般有15～25天。
⑻保种。如果冬天不想养殖，更不想来年再驯化种，那就需要保种。简单的保种方法为：在9～10月份秋末时，用好粪料养殖出一批健壮的蝇蛆，并让其变蛹，全部变蛹后，不能让蛹外表有水分。找一个或几个塑料饭盒把蛹放进去，然后用膜把塑料饭盒密封。第一种方法可以把装蛹塑料饭盒放进电冰箱的冷藏室，保证温度在5～10℃，这种温度蛹不会死亡也不会孵化，来年室外温度上升到25℃以上时，取出放进蛆房中即可孵化；另一种可以把装蛹的塑料饭盒埋进井边一米以下的土中或用一条绳子掉在离井水一米的井中，来年室外温度上升到25℃以上时，取出放进蛆房中即可孵化。
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