口腔
兔子的嘴巴开口极小，而在上唇部份有一道鸿沟区分左右，并向上弯与鼻翼相接，这也是「兔唇」这一名称的由来。兔子的牙齿呈弯曲形，不论门齿或臼齿皆会持续的生长。如果牙齿的接合不良，那它们的磨损就会不均匀，导致咬合不正的问题发生，像是食物不易摄入或是厌食的现象。
下巴的肌肉向前及向后延伸，造成一种较大的口腔虚像，但事实上却不然。下颚能够自由的向前、向后及上下垂直活动，但向左右的活动则受到限制，这是因为形成颞颚关节的关节突是呈纵向延伸的。
在兔子身上使用气体麻醉时，在气管内插管过程中较困难，这是因为兔子的嘴巴过小、臼齿与舌头相对较大，以及口腔较深的缘故。下巴肌肉的放松是麻醉达到效果的象征。如果在插管过程中不留意，很容易造成兔子口腔及呼吸道的伤害，必须小心。
腹腔
兔子的腹腔蛮大的。它的胃肠道相对较长，其内容物可占兔子全身重量的百分之十到二十。这一点是当使用静脉内注射麻醉药物时计算剂量的重要考虑之一。在腹腔中最大的两个器官分别是胃及盲肠。
胃
胃是一个储存大部份已消化食物的所在，但是未消化的饲料以及粪团往往也可在胃中发现。兔子的胃壁非常薄，常常在尸解中被发现已经破裂，这是因为死后细胞分解造成气体快速膨胀所致。然而，它的贲门及幽门部发展的极为良好。由于贲门部及胃的解剖学上位置排列的关系，兔子是无法呕吐的。幽门部到十二指肠之间呈现极剧烈的角度转变，并常受到十二指肠的压迫。当胃部膨胀时，或当毛球、气体、肝肿大压迫到胃时，都会导致幽门部的收缩，而阻止胃内容物的排出。
小肠
十二指肠及空肠拥有较小的空腔。在回肠的末端近盲肠处则膨大形成圆小囊(sacculus rotundus)的结构。这是一个由大量的淋巴滤泡所组成的蜂窝状结构，有时亦被称为回盲肠间的扁桃腺(ileocecal tonsil)。这也是食入异物最容易阻塞的地方。
大肠
兔子有一个大型、薄壁的螺旋形盲肠。它终止于一个厚壁、苍白、蠕虫状的阑尾;如同圆小囊一般，阑尾也是一个具有丰富淋巴组织的结构。盲肠是兔子腹腔中最大且最突出的器官。它沿着腹壁内侧螺旋状伸展，在腹腔中约折了三折。一般而言，盲肠内容物呈现半液体状。
结肠的特征为连续的囊状以及纵带的出现。它是起自称为大肠瓶(ampulla coli)的盲肠段。在近端结肠与远程结肠之间被肠钮(fusus coli)所隔开。这是一段较为厚实的结肠，聚集着大量的神经节细胞，负责肠管收缩步调的调整，已达到掌控两种粪便排出的目的。
结肠肌肉的收缩可以导致食物中纤维及非纤维部份的分离。蠕动性的收缩将纤维快速的移过结肠，随硬粪(hard feces)排出。抗蠕动性收缩则将非纤维性颗粒与液体等反向送回盲肠，以便发酵作用的进行。在这期间，盲肠也可经由收缩，将它的内容物及发酵产物送入结肠，由肛门排出体外，再被兔子食入。于是，这些细菌的代谢产物可以在肠道内直接吸收，或由兔子重新食入排出的盲肠内容物等两种方式，被兔子利用。后者的消化行为被称为食粪(coprophagy)或盲肠生成(cecotrophy)。这种可被重新利用的盲肠内容物又被称为软粪(soft feces)，晚粪(night feces)，以及盲肠生成物(cecotrophes);这种粪便一般是呈串状排出，而不像硬粪多半只是一粒粒的排出。盲肠生成物被包裹在一层黏液组成的薄膜，在酸性的胃中形成一隔屏障，但在碱性的小肠中则可被再吸收。
胰脏，肝脏及胆囊
虽然胰脏的位置离十二指肠极近，但是兔子的胰脏非常的分散，常常很难与其周围的肠系膜加以区隔。
兔子有一个小而圆的肝叶被称为尾叶，其与肝脏的背及横隔部位仅以一狭窄杆状部份加以连结。这个杆状部位是最容易发生异位的部份，但尾叶的扭转则不常在报告中出现。
如果自腹部中线进入，胆囊的位置是隐藏在腹腔的深层。像狗一样，兔子的胆管与胰管各由不同的开口进入十二指肠。在兔子的胆汁分泌中，像一般非哺乳动物分泌胆绿素，而不是分泌胆红素。