蜥蜴的外形可分为头、躯干、四肢与尾四部分。头与躯干之间的颈部在外形上并无明显界限，但头可以灵活转动。 在头部上可以见到口，一对鼻孔，一对眼睛和一对耳孔。如无外耳孔，则鼓膜位于表面，有的种类鼓膜上被复以细小鳞片或锥状大鳞。头部被复鳞片。各种蜥蜴头背的大鳞片数目及排列一致，可作分类鉴别的依据；上下唇鳞及颈部鳞片亦相对一致，也可作分类之参考。

蜥蜴被复于躯干外的鳞片的形状、大小、行数与结构，也是分类鉴别的依据。 前后肢分别区分为肱（股），前臂（胫），掌（跖）与指（趾）等部分。

宠物网介绍，前后肢均各具5指、趾指、趾末端均具爪。 泄殖肛孔位于尾基部腹面，是尾与躯干部的分界。 蜥蜴的两性差异，有利于繁殖季节中互相识别，白昼活动的蜥蜴表现较为明显。夜晚活动的蜥蜴可能靠嗅味识别异性。鬣蜥科的树蜥及龙蜥等，雄性颈背的鬣鳞较长。飞蜥背蜥等，雄性喉部有较长而具鲜艳颜色的喉囊。

石龙子的雄性头部比例较大，头颈两则常呈现红色。雄性具有鲜艳色斑是蜥蜴两性差异中最普遍的一种现象。例如蛇蜥雄性体背具有若干翡翠绿色的短横斑，草蜥雄性体侧具有鲜绿色纵纹，沙蜥雄性腋下或腹面具有红斑等等。雄性的这种特殊色斑往往在繁殖季节尤为鲜艳夺目。

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