在实际信鸽育种和训养工作中，往往会因实算结果和所预想的愿望背离甚远而迷惑，认为本巢的信鸽种系是最好的优良种，配对的种系也是强与强的结合，然而所得的子系无论在性状上，还是在基本的竞翔素质上都不理想，而且比上代的综合素质还差。造成这情况的原因很多，有外在的因素，也有内在的因素。其中，基因频率的改变所导致的遗传素质的改变是基本内在因素。主要的表现为基因为基因的突变、迁移、变异的随机扩散和选择。
当A基因有a等位基因时，A基因频率一旦因其他因素减少，这时a基因的频率就会上升增多，这时候种群繁衍的后代中含a基因的子代就多。如果想要含A基因的子代多，就必须严格检测基本中的基因中含不含等位基因a或含a基因的基本数量。有针对性地进行育种配对。如果没有基因检测手段，可根据信鸽的同一性状的表现型进行判断。基因迁移而发生的频率改变主要导致种群的表现型的改变。当A基因的个体比含有a等位基因个体更多地从一个地方迁到另一个地方，那么两个地方的种群的基因频率就发生改变。这就是引进一个种群而导致新种系的产生的原因之一。
基因变异的随机扩散之为遗传性的漂动。这种基因频率改变是在小种群里随机增减的现象。在小的种群里，后代的数目比较少，基因频率就不容易得到均衡的分布。如：Aa杂型合子会产生A和a配子，按照基因自由组合原则，当Aa×Aa时，子1代中就会产生1/4AA、2/3Aa、1/4aa。但这种子1代现象一般只能发生在所产生的后代数目很多的情况下。如果后代很少，只有2----5个子1代，那么，按照配子随机结合的原理，这些后代（即子1代）便可能多生AA，或aa，也可能都是Aa。无论怎么配对，要想得到预想的后代（纯合子AA或aa，还是杂合子Aa），都必须是在后代数目可以超过5个以上，才能满足计划的需要。如果子1代都是AA或aa，在这个本巢家族里所有子代里，a基因或A基因就会在这个种群后代里全部消失。明白了这个基因变异随机扩散的原理，就不难理解为什么有时费了很大的功夫引进了良种配对，只会出现单种子1代，甚至发生引进的良种或原来的良种配对后的子1代中不再表现出亲本型后代。
基因频率的改变还因选择的作用而改变。选择是指生存性有所差异的基因或性状在不同的条件保存和发展的机会不一样的过程。基因在不同的条件下是否得以保存和发展？保存的程度和发展的程度有多少？所表现的生存差异和所获得的机会是不一样的。故而，所体现的性状也就在后代中不尽相同。这一基因频率改变的因素，自然选择尤为突出。自然选择的主导作用主要是定向地改变种群的基因频率以适应不同的条件，从而改变生物类型。如生殖作用的选择性，即哪些生物得到传留给后代的机会是有选择的，不是完全随机的。基于这一原理，人工选择就是目的性、针对性的基因频率突变的人工生物工程。充分认识这一生物基因频率改变效益因素，有利于信鸽的育种训养。