胭脂鱼在自然环境中，抵抗疾病能力较强，一般很少患病。但在人工饲养条件下，胭脂鱼苗、鱼种、成鱼等各阶段均有患病现象。像大部分养殖鱼一样，对于胭脂鱼的病害防治工作也应贯彻“以防为主，防治结合，无病先防，有病早治”的方针。采取综合性防治措施，才能有效地控制疾病发生。其具体做法是：在预防环节，实行科学饲养。在做好“种、饵、密、管”等的基础上，坚持常现消毒，做好鱼池、鱼种、食场及饲（肥）料消毒。在非发病季节，每月泼洒1次杀菌、杀虫药物；发病季节（4～6月和9－10月）每月消毒2次，并投喂1个疗程药饵，预防疾病发生。
胭脂鱼的常见疾病有：烂鳃病、肠炎病及营养性不良、泛池和寄生虫病等。
（一）烂鳃病
在胭脂鱼成鱼和幼鱼阶段均有发生。由于胭脂鱼有集群习性，故该病一旦发生，即迅速感染，有时可导致大量死鱼现象。防治方法：一是大量换注水，改善池塘水质状况；二是鱼种放养前彻底清塘，养殖过程中定期消毒水体和食场。当鱼病发生，用0．2一0．5毫克/升呋喃唑酮或1毫克／升漂白粉全池泼洒，连续2-3天；同时拌饵内服鱼服康（100千克鱼用量为50～100克）或红霉素（100千克鱼30克有效成分），1天1次，3天为一个疗程。
（二）肠炎病
胭脂鱼苗种及低龄鱼种主要疾病。在饲料及环境条件差的情况下易发生；流行季节为6～9月。防治方法：一是坚持不喂变质腐败饲料；二是加强水体消毒工作。在疾病发生时；全池泼洒漂白粉或0．3～0．4毫克／升强氯精；同时，内服磺胺胍（或土霉素）药饵，每50千克鱼第一天夭用药5克，第二天开始减半，连用6天为一个疗程，何有效治愈肠炎病症。
（三）萎瘪病
一种营养不良症。在胭脂鱼苗种培育中，高密度或饵料跟不上池塘易发生。防治方法：平时应加强饲养管理，合理放养鱼种，保证鱼苗、鱼种有足够的优良饲料供应。发生萎瘪症状时，可将病鱼分隔饲养，投喂营养价值高的水蚯蚓，可缓解病情。
此外，在胭脂鱼苗种培育过程中，也时常发生小瓜虫和车轮虫等寄生虫病，防治小瓜虫病采取全池泼洒0．1～0．2毫克/升硝酸亚汞的方法；防治车轮虫则使用硫酸铜和硫酸亚铁合剂。
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